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Arrêts maladie plafonnés au 1er septembre : ce qui attend vraiment les employeurs

Dès le 1er septembre, un arrêt de travail initial ne pourra plus dépasser 31 jours. Une réforme budgétaire aux effets concrets pour les entreprises.

Image d'illustration — santé au travail et arrêts maladie
Image d'illustration — santé au travail et arrêts maladiePhoto : Vitaly Gariev / Unsplash

À quelques jours de son entrée en vigueur, la mesure passe encore sous les radars de nombreux services RH. À compter du 1er septembre 2026, un arrêt de travail prescrit pour la première fois ne pourra plus excéder 31 jours, et une prolongation sera limitée à 62 jours. La règle découle du décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, qui crée un nouvel article R. 162-1-7-1 du code de la sécurité sociale. Derrière l'apparente technicité se cache un levier budgétaire de premier plan — et des conséquences très concrètes pour les entreprises.

Une mesure d'économies avant tout

L'objectif affiché est financier. Les indemnités journalières versées par l'Assurance maladie représentent une dépense annuelle de l'ordre de 17,9 milliards d'euros, et le nombre d'arrêts a bondi d'environ 10 % entre 2019 et 2024. Face à cette dérive, le gouvernement a fait du plafonnement l'un des outils de maîtrise des comptes sociaux, pris en application de l'article 81 de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026.

Le mécanisme ne supprime pas les arrêts longs : il oblige à les réévaluer plus souvent. Passé le seuil de 31 jours, le médecin devra délivrer une prolongation explicite, plafonnée à 62 jours, et pourra dépasser ces bornes si l'état de santé du patient le justifie. L'idée sous-jacente est d'introduire des points de contrôle réguliers là où certains arrêts s'étiraient sur plusieurs mois sans réexamen. La mesure ne s'applique pas à Mayotte.

31 jours
Durée maximale d'un arrêt de travail initial à compter du 1er septembre
62 jours
Plafond d'une prolongation prescrite au-delà de l'arrêt initial
17,9 Md€
Dépense annuelle d'indemnités journalières de l'Assurance maladie
+10 %
Hausse du nombre d'arrêts de travail entre 2019 et 2024

Ce qui change concrètement dans l'entreprise

Pour l'employeur, l'impact est d'abord administratif. Les salariés en arrêt long présenteront désormais des documents plus fréquents — un arrêt initial, puis des prolongations rythmées par les nouveaux plafonds. Les services RH devront ajuster leur suivi : un arrêt qui « tombait » auparavant en une seule prescription de trois mois arrivera désormais en plusieurs volets, chacun devant être transmis dans les délais habituels pour ne pas interrompre le versement des indemnités.

Cette fragmentation peut jouer dans les deux sens. D'un côté, elle multiplie les échéances à surveiller et les risques de rupture administrative en cas de prolongation tardive. De l'autre, elle offre à l'entreprise une visibilité plus fine sur la trajectoire d'un salarié absent, utile pour anticiper les remplacements et organiser le retour. Pour les organisations dotées d'un maintien de salaire conventionnel, l'enjeu est aussi financier : toute désynchronisation entre la subrogation et le versement des indemnités journalières se traduit par des régularisations à gérer.

Ce qui ne change pas — et c'est essentiel

Attention aux malentendus : le plafonnement porte sur la durée des arrêts, pas sur les droits du salarié. Les règles de versement des indemnités journalières de la sécurité sociale restent inchangées, tout comme le délai de carence de trois jours pour les salariés du régime général. Un salarié dont l'arrêt est régulièrement prolongé continue de percevoir ses indemnités dans les mêmes conditions qu'auparavant.

Autrement dit, la réforme ne réduit pas mécaniquement le coût direct des arrêts pour l'Assurance maladie dès lors que la prolongation est justifiée médicalement. Son efficacité repose sur un pari comportemental : en imposant un réexamen à échéances rapprochées, l'État espère limiter les arrêts prolongés par habitude ou par facilité, sans pénaliser les pathologies lourdes. C'est là que se jouera le rendement réel de la mesure.

Un signal dans un climat social tendu

La réforme arrive dans un contexte où les employeurs, PME en tête, réclament de longue date une action sur l'absentéisme, dont le coût pèse sur la productivité et l'organisation des équipes. Le patronat, qui a placé sa rentrée sous le signe du « courage », y verra un premier geste, même s'il en attend davantage sur le fond. Reste que le plafonnement ne s'attaque qu'à la durée, non aux causes de l'absentéisme — usure au travail, conditions d'emploi, vieillissement des effectifs.

Pour les dirigeants, l'enjeu immédiat est donc opérationnel plus que stratégique : informer les managers, adapter les processus de suivi et sécuriser la chaîne administrative dès le 1er septembre. Les entreprises les mieux préparées seront celles qui auront anticipé la multiplication des documents sans y voir un durcissement des droits de leurs salariés. Car la pédagogie interne fera, ici, toute la différence entre une réforme subie et une réforme maîtrisée.